Wiosną 2000 roku ukazała się na rynku druga generacja tych pojazdów, pochodząca już z fabryki na Węgrzech, w miejscowości Esztergom. Utrzymano ogólną koncepcję pojazdu, ale zmieniono nieco kształty i wymiary nadwozia. Rozstaw osi powiększony został o 25 mm, ale długość całkowita zwiększyła się o 100 mm. Zmieniono między innymi kształt przednich reflektorów, zderzaki, lampy tylne, dzięki czemu samochód zyskał bardziej obłą sylwetkę. Oprócz podstawowego silnika o pojemności skokowej 1,0 dm3 (niedostępnego w Polsce) zaoferowano nowy silnik o pojemności 1.3 dm3. Prace nad modernizacją pojazdu prowadzono wspólnie ze specjalistami z firmy Opel, czego efektem było powstanie bliźniaczego modelu pod nazwą Agila.

Suzuki oferowało także wersję Wagon R+ 1.3 4WD. W samochodzie tym zastosowano napęd na cztery koła, gdzie za rozdział siły napędowej odpowiada sprzęgło wiskotyczne.

W 2003 roku przeprowadzono modernizację samochodów tej rodziny. W wyniku face-liftingu zmieniły się takie szczegóły jak kształt wlotu powietrza i zderzaka. Wprowadzono także nowy silnik benzynowy o pojemności nieco większej niż 1,3 dm3 wyposażony w głowicę z dwoma wałkami rozrządu. Nieco później gamę jednostek napędowych powiększono o turbodoładowany silnik Diesla o pojemności 1.25 dm3, który pochodził z polskiej fabryki w Bielsku-Białej.

Zakończenie produkcji samochodów Suzuki Wagon R+ nastąpiło w marcu 2006 roku. Następcą został wkrótce samochód o nazwie Splash.